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1) 지번이 상이한 주택의 보상: 보상의 대상이 되는가의 여부는 사업시행자(지방자치단체 혹은 지방 국토관리청)가 판단할 사항입니다.
여러가지 증빙자료를 제시하여 면적, 구조, 경과년수 등이 다르더라도 건축물대장상의 건물임을 사업시행자로부터 인정 받아 보상물건조서에 등재되면 현재 있는 그대로(신축 또는 개조된 건물상태)로 보상평가를 받을 수 있습니다.
현재 건물이 소재하는한 건물의 이전비 보상은 받을 수 있을 것으로 보여집니다.

2) 당해 용도지역이 무엇인가에 따라 지목이 영향을 받게 되는데, 질의 하신 내용으로 보아 주거지역 등 도시계획구역내의 용도지역은 아니고 관리지역 등 도시계획구역외 지역인 듯 합니다.
위와 같이 건물의 소재지번과 토지지번이 다르고 양지상에 걸쳐있다면, 건물이 대상지번에 있는 합법적인 건물로 사업시행자에게 인정받는 경우가 최고의 조건이 될 것이며 이 경우에도 해당 용도지역 하에서의 적정 건폐율에 해당하는(건축면적/토지면적) 토지만 대지로 인정 받게 될 것입니다.

3) 이런 번거로움을 없애고 보상을 정당하게 받으시려면, 우선 지방자치단체로부터 건축물대장 등재사항을 변경하거나 혹은 신축된 것으로 정정하여 현재의 지번과 건물면적, 그리고 대지면적을 확정 시키는 것이 좋을 듯 합니다.
건물이 제대로 건축물관리대장에 등재되면 이를 근거로 등기를 경정하시고, 해당토지의 지목도 대지로 변경하시면 될 것 같습니다.
건물 등재내용의 변경은 건축사나 법무사, 관할 지방자치단체에 문의 하시는 것이 좋겠습니다.

감사합니다.